정성호 법무부장관이 1일 수사-기소 분리 원칙과 공소유지의 효율성 간 균형을 고려한 ‘공소유지 목적 직무대리 제도’ 개선 방안을 지시했다. 이는 지난 7월 21일 취임 이후 첫 공식 지시에 따른 후속 조치로, 타청 소속 검사의 직무대리 발령을 통한 공소 관여의 적정성 문제를 보완하기 위한 것이다.
법무부는 기존 검찰청에서 수사하던 검사가 타 검찰청으로 발령된 이후에도 직무대리 형식으로 기존 사건의 공판에 출석하는 관행에 대해 문제의식을 제기해 왔다. 특히 이 제도가 수사-기소 분리 원칙을 훼손하고, 수사 검사의 확증편향으로 인한 무리한 공소유지 가능성을 키운다는 지적이 있어 왔다.
이에 따라 장기간 직무대리 중인 검사에 대해서는 신속한 공판업무 인수인계를 통해 현 소속청으로 복귀토록 했으며, 일시적인 ‘1일 직무대리’ 역시 예외적으로만 허용하도록 지침을 마련했다.
직무대리 허용은 다음과 같은 경우로 제한된다.
① 성범죄나 아동학대 등에서 피해자 측의 요청이 있는 경우
② 대형참사 등 다중 피해사건에서 피해자·유족의 진술권 보호가 필요한 경우
③ 조세, 금융, 증권, 중대재해 등 전문성이 요구되는 사건의 법리 검토가 필요한 경우
④ 그 외 이에 준하는 특별한 사정이 있는 경우
정 장관은 이번 제도 개선을 통해 수사와 기소의 분리를 실질적으로 이행하면서도, 국민의 안전을 위한 검찰의 범죄 대응 역량을 훼손하지 않도록 조율했다고 밝혔다. 아울러 직무대리로 인해 발생했던 원소속청의 업무 과중 문제도 해소할 수 있을 것으로 기대된다고 설명했다.
법무부는 앞으로도 검찰개혁 방향에 따라 수사기소 분리를 원칙으로 삼되, 공소유지와 피해자 보호에 필요한 제도적 유연성도 병행해 나가겠다는 방침이다.

